编者按：咖啡因只是咖啡树、茶树或可口树这类植物为了赶走虫子，抑制其周边物种的生长出于自卫而产生的“毒素”，结果不小心成了人类杯中常客。简而言之：“初心依然在，意义已不同”
我们每天喝掉22.5亿杯咖啡，算起来大约每3个人一天喝掉一杯。这么多人喝咖啡，种植咖啡的面积自然不会太小，全球已种植咖啡的产地面积约有1100万公亩。
科学界对咖啡的基因体已经定序完成。虽然用来定序的不是阿拉比卡咖啡（Coffea arabica，有44条染色体），而是Coffea canephora（C. canephora，22条染色体，又称为C. robusta，约占世界咖啡总产量的30%）；不过阿拉比卡咖啡是C. canephora与C. eugenioides的杂交种。
C. canephora咖啡的基因体由22条染色体构成，总大小是710 Mb（Megabase）。710 Mb有多大呢？想像整个咖啡的基因体印出来在我们面前，我们以一秒一字的速度来念，要念22年又6个多月才念得完。分析的结果是：咖啡总共有25,574个产生蛋白质的基因，92个产生microRNA的基因。另外，整个基因体大约有一半是转位子（transposable element）。
咖啡的基因体中，较特别的部分是，与抗病相关的基因（R基因）在演化上出现了串联重复（tandem duplication）的现象；而合成酚醛类次级化合物（phenylpropanoids）的基因也变多了。这些基因包括合成类黄酮（isoflavone and flavnoids）的酵素、合成生物碱（alkaloids）的酵素、合成单萜（monoterpene）的酵素、以及合成咖啡因（caffeine）的酵素等。
有没有想过咖啡为何要合成咖啡因呢？其实咖啡合成咖啡因，主要是为了抗虫（在叶片）以及抑制其他植物的种子发芽。居住在衣索比亚的人类，无意中发现了它有提神的效果，便开始采取它的果实。
生产咖啡因，对于咖啡的生存竞争能力显然很重要。在基因体中，研究团队看到有一个由23个基因构成的群集；与其他两种会生产咖啡因的植物（茶 Camellia sinensis、可可 cacaoTheobroma cacao）有明显的不同。
虽然许多植物在演化过程中，都出现了产生多倍体的现象（如小麦、玉米、甘蓝菜、蕃茄等），但是咖啡并没有出现多倍体，而只是选择性的以串联重复的方式，将部分的基因扩张，来提升自己的竞争力。
每每看到这些证据都会引人思考：我们把植物用来赶虫的“毒素”当作宝来吸（如香烟）、喝（如咖啡、茶），植物有知，一定会哑然失笑。
当然，一个物质是药或是毒，往往只是剂量的差别，最近也常常看到研究报告提到一天一杯咖啡是比较适当的？实际上，很多酗咖啡的，一天四杯也是常事，不过，任何事物尽量控制在“中道”比较适当，不是吗？（完）
作者：叶绿舒